Spin-off di G.I. Joe incentrato su Snake Eyes, il membro più silenzioso del gruppo militare anti-terrorista, accompagnato in ogni missione dal suo lupo domestico Timber. Il protagonista viene accolto in un antico e segreto clan giapponese chiamato Arashikage, dopo aver salvato la vita del loro erede legittimo. Una volta arrivato in Giappone, Snake Eyes impara dagli Arashikage le vie del guerriero ninja e trova anche un posto da poter chiamare casa. Ma, quando i segreti del suo passato vengono svelati, l'onore e la lealtà di Snake Eyes saranno messi alla prova, rischiando di incrinare la fiducia di coloro che gli sono stati più vicino.